元惠宗至正十七年(1357)，朱元璋军占领扬州，改扬州路为淮南翼元帅府，寻改淮海府，属江南行中书省。二十一年，淮海府改维扬府。二十六年，改称扬州府。扬州府领高邮州、通州、泰州3州及江都、泰兴、仪真、如皋、海门、宝应、兴化、六合、崇明9县。

　　明太祖洪武元年(1368)，罢除江南行中书省，设置京师(后改南京)，扬州府属之。二十三年，分六合属应天府，崇明属苏州府，扬州府领3州7县，并直辖江都、仪真、泰兴县，高邮州领宝应、兴化县，泰州领如皋县，通州领海门县。

　　清顺治二年(1645)，设立江南省，扬州府属之。乾隆二十五年(1760．)，江南省正式分为江苏、安徽二省，扬州府属江苏省。咸丰三年(1853)四月，太平军攻占扬州，曾改扬州府为扬州郡，改甘泉县为甘泉天县，历时8个多月。清末，扬州府领高邮州、泰州和江都、甘泉、仪征、兴化、宝应、东台县，俗称“扬八属”。

　　宣统三年九月十七日(1911年11月7日)，扬州光复。二十日，扬州军政分府宣布成立，隶属镇江都督管辖。

　　民国元年(1912)1月，废扬州府，并甘泉入江都县，原扬州府所属各县直隶江苏省。民国3年6月，江苏省分为5道，江都县属淮扬道。

　　民国38年1月25日，江都县城(扬州)解放。27日，设立扬州市，隶属苏皖边区第二行政区。同年苏皖边区第二行政区改称苏北行政区扬州行政专区，专员公署驻扬州市。

　　1950年1月，扬州专区与划出如皋、海安给南通专区，划出东台、台北(今大丰)给盐城专区以后的泰州专区合并，共辖扬州市、泰州市、兴化县、高邮县、宝应县、靖江县、泰兴县、江都县、泰县、仪征县、六合县2市9县。

　　1956年3月，江都县析为江都、邗江2县。1960年4月，宝应县、高邮县析湖西地区为金湖县。1966年3月，仪征、六合、金湖3县划给新设立的六合地区。1971年，六合地区撤销，仪征、六合2县划回扬州地区。1975年，六合县划归南京市，扬州地区辖2市9县。

　　1983年3月，江苏省改革地市体制，调整行政区划,扬州地区行政公署撤销。原属扬州地区的泰州市和江都、邗江、泰县、高邮、靖江、宝应、泰兴、兴化、仪征9个县划归扬州市管辖。扬州市改由省管辖，设广陵区和郊区。1986年4月，仪征县撤县设市。1987年12月，兴化县撤县设市。1991年4月，高邮县撤县设市。1992年9月，泰兴县撤县设市。1993年8月，靖江县撤县设市。1994年4月，江都县撤县设市。1994年7月，泰县撤县设立姜堰市。撤县设市中，行政区划均未改变.1996年8月，经国务院批准，扬州市行政区划调整，撤销县级泰州市，设立地级泰州市，原由扬州市代管的泰兴、姜堰、靖江、兴化4个县级市划归泰州市管辖。扬州市设广陵区、郊区（2002年更名维扬区），辖宝应县、邗江县，代管仪征、高邮、江都3个县级市。2000年12月，邗江县撤销县建制，改设扬州市邗江区。扬州市管辖广陵、邗江、维扬3个区、宝应县和仪征、高邮、江都3个县级市。

　　2008年，扬州市共辖70个镇、7个乡和12个街道办事处（另有2个扬州市人民政府设立并直管的街道办事处）。